Σε υπογόνιμες γυναίκες με ενδομητρίωση η ιατρικά υποβοηθούμενη αναπαραγωγή μπορεί να δώσει λύσεις. Δύο από τις επιλογές είναι η σπερματέγχυση και η εξωσωματική γονιμοποίηση.

Ενδομητρική σπερματέγχυση
Κατά την ενδομητρική σπερματέγχυση το σπέρμα του συντρόφου προετοιμάζεται κατάλληλα, επιλέγονται τα καλύτερα και υγιέστερα σπερματοζωάρια και τοποθετούνται μέσα στη μήτρα της γυναίκας κατά τη διάρκεια της ωορρηξίας. Ο κύκλος παρακολουθείται με διακολπικά υπερηχογραφήματα και ορμονικές εξετάσεις.Γίνεται ελεγχόμενη ωοθηκική διέγερση με γοναδοτροπίνες έτσι ώστε να αυξηθεί η πιθανότητα εγκυμοσύνης. Όταν τα ωοθυλάκια είναι έτοιμα για ωορρηξία, γίνεται η σπερματέγχυση.

Σε περιπτώσεις ελάχιστης ή ελαφράς ενδομητρίωσης, η ενδομητρική σπερματέγχυση με ελεγχόμενη ωοθηκική διέγερση αυξάνει τις πιθανότητες της εγκυμοσύνης. Μερικές μελέτες έχουν δείξει ότι κάνοντας ενδομητρική σπερματέγχυση με ελεγχόμενη ωοθηκική διέγερση μετά το χειρουργείο αυξάνονται οι πιθανότητες εγκυμοσύνης. Η ενδομητρική σπερματέγχυση αποτελεί επίσης επιλογή για γυναίκες με ωοθηκικό ενδομητρίωμα ή με μέτρια ή με σοβαρή ενδομητρίωση.

Εάν η γυναίκα που πάσχει από ενδομητρίωση και είναι υπογόνιμη έχει ήδη κάνει 3-4 σπερματεγχύσεις, η πιθανότητα επιτυχίας της θεραπείας είναι μικρή και πρέπει να προχωρήσει σε εξωσωματική γονιμοποίηση.
Ακόμη, η ενδομητρική σπερματέγχυση δεν αποτελεί επιλογή στην περίπτωση που η γυναίκα έχει πρόβλημα με τις σάλπιγγες, που σημαίνει ότι το ωάριο δεν έχει τη δυνατότητα να φτάσει στη μήτρα, καθώς και στην περίπτωση που ο σύντροφος της γυναίκας έχει προβλήματα με το σπέρμα.

Εξωσωματική γονιμοποίηση
Σε περιπτώσεις που άλλες θεραπείες έχουν αποτύχει η εξωσωματική γονιμοποίηση μπορεί να δώσει λύση. Με την μέθοδο αυτή γίνεται ελεγχόμενη διέγερση των ωοθηκών που «δίνει» συνήθως 8-10 ωάρια. Ο κύκλος παρακολουθείται με διακολπικά υπερηχογραφήματα και ορμονικές εξετάσεις. Η ωοληψία γίνεται διακολπικά κάτω από υπερηχογραφικό έλεγχο.Τα ώριμα ωάρια συλλέγονται από τις ωοθήκες και γονιμοποιούνται στο εργαστήριο. Το έμβρυο ή τα έμβρυα μεταφέρονται στη μήτρα μετά από 3-5 ημέρες.

Η μικροχειρουργική του ωαρίου ή ICSI είναι μια παρόμοια τεχνική, στην οποία μέσα στο εργαστήριο, ένα σπερματοζωάριο τοποθετείται με μία βελόνα μέσα στο ωάριο για να το γονιμοποιήσει. Η ICSI γίνεται κυρίως στις περιπτώσεις όπου το σπέρμα είναι χαμηλής ποιότητας.

Τα ποσοστά επιτυχίας της εξωσωματικής γονιμοποίησης στις γυναίκες με ενδομητρίωση είναι υψηλά. Νεαρές γυναίκες ακόμα και με τετάρτου βαθμού ενδομητρίωση, έστω κι αν δεν παράγουν πολλά ωάρια, έχουν σημαντικά ποσοστά κυήσεων.Όσο μεγαλώνει η γυναίκα όμως, η επίδραση της ενδομητρίωσης σε συνδυασμό με την ελάττωση των ωαρίων λόγω ηλικίας, κάνει πιο δύσκολη την επίτευξη εγκυμοσύνης. Επομένως, όσο ταχύτερα μια γυναίκα με ενδομητρίωση υποβληθεί σε εξωσωματική γονιμοποίηση, τόσο αυξάνονται οι πιθανότητες να αποκτήσει παιδί.