Η ακριβής αιτία πρόκλησης του Συνδρόμου Ευερέθιστου Εντέρου (IBS) παραμένει άγνωστη. Κάποια συμπτώματα ίσως να προκαλούνται από τους σπασμούς, ενώ και οι νευρικές απολήξεις στο έντερο μπορεί να γίνονται ασυνήθιστα ευαίσθητες, μεγιστοποιώντας τον πόνο. Οι λόγοι που συμβαίνουν αυτές οι αλλαγές δεν είναι πάντα γνωστοί, ωστόσο κάποιοι από τους παράγοντες που έχουν συνδεθεί με το σύνδρομο περιλαμβάνουν μεταξύ άλλων την υπερανάπτυξη βακτηρίων, τη χρήση αντιβιοτικών και το στρες.
Ψυχολογικοί παράγοντες. Ο εγκέφαλος και το έντερο συνδέονται άρρηκτα. Οι σκέψεις και τα συναισθήματα ενός ατόμου μπορούν να προκαλέσουν συμπτώματα στο έντερο και η εντερική υγεία με τη σειρά της να διαμορφώσει την ψυχική κατάσταση, ενώ το στρες μπορεί να προκαλέσει περισσότερες συσπάσεις στο έντερο και να αυξήσει την ευαισθησία του. Οι επιστήμονες δεν είναι ακόμα σίγουροι αν το στρες ή άλλοι ψυχολογικοί παράγοντες μπορεί να αποτελούν αιτία του Συνδρόμου Ευερέθιστου Εντέρου ή αν συμβαίνει το αντίστροφο, αυτό που ξέρουν σίγουρα, όμως, είναι ότι οι άνθρωποι με το σύνδρομο παρουσιάζουν υψηλότερα επίπεδα στρες και άγχους και ότι αυτή η δυσφορία μπορεί να επιδεινώσει τα συμπτώματα του συνδρόμου. Σε μια μελέτη του 2017 που δημοσιεύθηκε στο Journal of Neurogastroenterology and Motility βρέθηκε ότι οι πάσχοντες από το σύνδρομο έχουν υψηλότερα επίπεδα κατάθλιψης και άγχους συγκριτικά με όσους δεν πάσχουν από τη διαταραχή και ότι το σύνδρομο είναι συχνότερο στους ανθρώπους που έχουν βιώσει κάποιο ψυχολογικό τραύμα ως παιδιά.
Αντιβιοτικά. Το πεπτικό σύστημα του ανθρώπου περιέχει τρισεκατομμύρια βακτήρια, ιούς και μύκητες, που σχηματίζουν το λεγόμενο «εντερικό μικροβίωμα». Οι μικροοργανισμοί αυτοί έχουν ρόλους ζωτικής σημασίας για την υγεία μας, μεταξύ των οποίων η πέψη και η λειτουργία του ανοσοποιητικού συστήματος. Όταν παίρνουμε αντιβιοτικά για να καταπολεμήσουμε τις βακτηριακές λοιμώξεις, τα φάρμακα σκοτώνουν και τα επωφελή για το έντερο βακτήρια. Οι επαναλαμβανόμενες θεραπείες ή η μακρόχρονη χρήση αντιβιοτικών μπορεί να αλλάξει το εντερικό μικροβίωμα με τρόπο που να προκαλέσει διαταραχή στη φυσιολογική λειτουργία του εντέρου. Έρευνες σε ανθρώπους και ζώα υποδεικνύουν ότι η διαταραχή αυτή μπορεί να οδηγήσει σε κάποιες περιπτώσεις στο Σύνδρομο Ευερέθιστου Εντέρου, με τα αποτελέσματα των ερευνών, πάντως, να μην είναι προς το παρόν συνεπή.
Βακτηριακή υπερανάπτυξη. Κάποιοι πάσχοντες από το Σύνδρομο Ευερέθιστου Εντέρου παρουσιάζουν πλεόνασμα βακτηρίων στο λεπτό έντερο, μια κατάσταση που αποκαλείται βακτηριακή υπερανάπτυξη λεπτού εντέρου (SIBO). Δεν είναι σίγουρο ότι το φαινόμενο αυτό προκαλεί το Σύνδρομο Ευερέθιστου Εντέρου, αλλά οι πάσχοντες από το σύνδρομο είναι πιθανότερο να αποδειχθούν θετικοί για SIBO. Επιπλέον, κάποιες έρευνες έχουν δείξει ότι τα συμπτώματα του συνδρόμου συχνά μειώνονται μετά από αντιβιοτική θεραπεία που επικεντρώνεται στα βακτήρια του λεπτού εντέρου. Η βακτηριακή υπερανάπτυξη λεπτού εντέρου συμβαίνει όταν τα πλεονάζοντα βακτήρια στο έντερο συγκεντρώνονται στην περιοχή του λεπτού εντέρου. Στην κατάσταση αυτή, οι πάσχοντες έχουν τυπικά συμπτώματα του συνδρόμου όπως φούσκωμα, δυσκοιλιότητα, κοιλιακό άλγος και διάρροια. Οι εκτιμήσεις για το πόσοι άνθρωποι με διάγνωση για σύνδρομο Ευερέθιστου Εντέρου πάσχουν επίσης από SIBO ποικίλλουν – έρευνα του 2017 που δημοσιεύθηκε στο Gut and Liver πάντως δείχνει ότι το ποσοστό πιθανότατα κυμαίνεται μεταξύ 19 και 37%.
