Οι δύο κυριότερες προκλήσεις που αντιμετωπίζει ο κλάδος των φυσικοθεραπευτών σχετικά με τα θέματα της εκπαίδευσης αφορούν την ένταξη νέων σχολών φυσικοθεραπείας σε σχολές άσχετες με τις επιστήμες υγείας και το πάγιο αίτημα του ΠΦΣ για την εξίσωση των πτυχίων των φυσικοθεραπευτών με τα πτυχία των Α.Ε.Ι.