Όπως αναφέρεται στην απόφαση του Συμβουλίου της Επικρατείας, σκοπός του ΕΟΦ είναι η «προστασία της δημόσιας υγείας με την διασφάλιση επαρκούς εφοδιασμού της αγοράς με τα κατάλληλα φαρμακευτικά προϊόντα»